期刊简介
1995年创刊，中华人民共和国卫生部主管，中华医学会、国际医药卫生导报社主办。本刊是综合性医学学术期刊，主要栏目：科研课题、基础研究、专家述评、临床研究、病例报告、药物与临床、药学研究、临床检验、中医中药、预防医学、护理研究、医学动态等。
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首页>国际医药卫生导报杂志
- 杂志名称：国际医药卫生导报杂志
- 主管单位：中华人民共和国卫生和计划生育委员会
- 主办单位：中华医学会;国际医药卫生导报社
- 国际刊号：1007-1245
- 国内刊号：44-1417/R
- 出版周期：半月刊
期刊荣誉：中国期刊全文数据库(CJFD)期刊收录：国家图书馆馆藏, 上海图书馆馆藏, 知网收录(中), 维普收录(中), 万方收录(中)
基于GEO结直肠癌芯片数据的生物信息学分析
罗金现；高训锋；温建燔
关键词：生物信息学, 结直肠癌, 基因芯片, 差异基因
摘要：目的 利用生物信息学分析方法,挖掘结直肠癌(CRC)的关键基因并探索其发病机制.方法 在公共基因芯片数据库(GEO)中下载结直肠癌表达谱芯片数据,在GCBI实验室中筛选出结直肠癌显著差异的基因,分别对显著差异基因作GO富集分析、KEGG通路分析、蛋白质相互作用(PPI)网络分析.进一步利用cytoscape将PPI结果建立互作模块.结果 通过差异分析得出在正常结直肠组织、结直肠腺瘤、结直肠癌中表达量逐步明显下调的基因有492个,逐步明显上调的有248个,共有740个显著差异基因.GO富集分析主要体现在各种代谢过程、细胞增殖、信号调节、RNA聚合酶Ⅱ转录因子活性等.KEGG信号通路主要富集在癌症转录失调、细胞周期及p53信号通路等.并利用互作模型筛选出CDK1、MCM2、CDC6、CCNA1、CCNB2、CDKN1B、ORC1、E2F1、CHEK1、PCNA等45个与结直肠癌发生发展关系密切的关键基因.关键基因主要富集在细胞周期、病毒致癌机理、癌症相关、p53及PI3K-Akt等信号通路.结论 通过生物信息学对基因芯片数据的分析,能获取结直肠癌的关键基因及其相关通路,为后续研究提供依据.
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